Offenbar gibt es im Zusammenspiel mit El Capitan und Lightroom gleich mehrere Bugs. Das wohl ärgerlichste Problem ist wohl, dass die Tethering-Funktion mit Nikon und Leica Kameras nicht mehr funktioniert.
Aber auch LUT Profile für Monitore werden wohl nicht mehr berücksichtigt.
Aber nicht nur mit Lightroom gibt es Schwierigkeiten, sondern auch mit Adobe Premiere und Photoshop. Letzterer ist unter El Capitan wohl sehr viel langsamer wenn es um die Verarbeitung großer Dateien geht, obwohl OS X 10.11 ansonsten allgemein sehr viel agiler und schneller reagiert.
Daher sollte man sich mit dem Update vielleicht noch etwas gedulden. Für mich hat sich bewährt, die erste Version erst einmal abzuwarten und auf das nächste Update zu warten, das dann erfahrungsgemäß viele Fehler behebt.
Mehr Infos gibts im englischen Forum von Mac Rumors.